Наиболее простой способ - используя последовательный порт (UART). Адаптер (внешний или размещенный на плате) должен обеспечивать установку необходимого режима программирования

• MD0=0 MD1=1 MD2=1 - режим BI-ROM
• P00=0 P01=0 - режим последовательного интерфейса (асинхронный)

и согласовывать по уровню сигналы UART PC и контроллера. (Режим последовательного порта для большинства MCU определяется состоянием выводов P00 и P01, для F387/F455 - P30 и P31)

Программное обеспечение для записи Flash поставляется производителем свободно Flash Writer 16LX, поддерживает все кристаллы, но накладывает ограничение на основную частоту тактирования контроллера (она может быть 4, 8, 16МГц и только для некоторых 6, 10, 12, 20 и 24 при определенных установках режима последовательного интерфейса).

Группой энтузиастов разработан внешний адаптер и программа для него со следующими возможностями: аппаратная установка режима программирования, запуск из командной строки, возможен запуск на выполнение программы, созданной для работы в RAM. http://f2mc.nm.ru/isp_f2mc/