Оболочка - да. Однако есть command-line версии компилятора, ассемблера и компоновщика, которые прекрасно работают из-под MS-DOS, используя встроенный DOS Extender от Phar Lap Software, Inc.
Основная сложность при работе с ними - огромное количество ключей. Рекомендую для начала поработать в виндовой оболочке, а затем взять список ключей из шапки листинга и поместить его в make - файл.
Лично я пользуюсь maker.exe из состава Borland C 3.1 (просто потому, что она у меня уже была).