Версия 1.40 поставляется с не совсем корректными .xcl-файлами для линкера. Кроме того, описания регистров микроконтроллеров в нём неполные. Для нормальной работы имеет смысл либо взять комплект .xcl- и h-файлов от более новой версии компилятора, либо с сайта фирмы Atmel (ftp://www.atmel.com/pub/atmel/avr030.zip; ftp://www.atmel.com/pub/atmel/io_def.zip).

Файлы из этих архивов следует переписать в соответствующие каталоги вместо поставлявшихся с компилятором.

При работе в Embedded workshop правильное имя .xcl-файла следует указывать отдельно для каждой target в Project|Options|XLINK|Include|XCL file name, включив Override default.