Alex_Chppok, arduino nano c atmega328P на борту при отсутствии в памяти загрузчика arduino превращается в обычную плату с этим МК и некоторым набором рассыпухи на ней. И наоборот - при присоединении к МК USB-UART и прошивке в него загрузчика получается опять arduino - с оговорками про разводку и использование ног
Если библиотека под некоторую среду написана была, то ее использование в другой среде (на том же МК) под вопросом до полного анализа ее кода на соответствие заявлениям и ожиданиям.
Запустите все на копеечной платке arduino nano на макете в железе и потом уже можете заниматься окончательной реализацией.
При симуляции в proteus надо очень хорошо представлять возможности используемых моделей компонентов. Там не 100% соответствие реальному железу.