Сегогдня принесли принтер с заправки и сразу приступил за изготовление, в итоге обнаружил, что для смд светодиодов лучше уменьшить посадочное место так, что сори за их кривую установку. Проверена работа по ISP с atmega128 и по PDI с atxmega32a4.
В приложении плата с подправленными посадочными местами под светодиоды и прошивка лишенная проблемы подвисания.
PS. аtmega128 работала одинаково стабильно как с 5В так и с 3.3В
, на хмеге не рискнул проверить.