[MisterDi]

У альтеры действительно есть отдельные программаторы под каждую версию квартуса. Комплектом софта из квартуса вполне можно прошить кнфигурационное ПЗУ, но для тех, кто не является ассом работы в командной строке, вариант прошивки через ИДЕ ИМХО на порядок проще.
Пошаговая инструкция - на картинках. Версия Квартуса -11, у других должно быть аналогично.