Если ответ все еще интересует, отвечу.
1. Трудно что-то конкретное сказать про счетчики прокси-сервера без названия и версии программы прокси-сервера.
2. В инструкции по программе GPRS-Explorer (Билайн) есть специальная сноска о том, что счетчики программы работают приблизительно, для примерной оценки объема потребленного трафика.
3. Счетчики Windows (из значка рядом с часами) считают трафик, отправленный и принятый в порт устройства, а не отправленный (принятый) самим устройством.
4. Счетчики на мобильном телефоне и у провайдера практически совпадают, разница только в том, что провайдер списывает деньги за единицы тарификации (обычно, за каждый килобайт, полный или неполный).
Кроме того, трафик может отличаться на мобильном и на счетчиках еще по причине фильтрации паразитного трафика или обрезкой баннеров (т.е. баннер пришел к вам, потом его "зарезала" программа-резалка баннеров).
Программы, считающие трафик так и называются "счетчики трафика". Пример такой программы "Tmeter"
http://www.tmeter.ru/