EEPROM программировать не надо.
Стирание и добавление происходит в контроллере.
Все проверил и перепроверил 1000 раз, работает на всех (SMD, DIP)вариантах платах и на проводах в воздухе тоже.
Вариант моей платы с Мегой8 в Dip корпусе на фотке.
Расставил обозначение компонентов со схемой.
Проверяйте правильность разводки.
andreytalchuk
Симптомы с неправильной работе кнопки (замыкания или...)
Ещё раз правильность работы контроллера (в подборе R3 в цепи база коллектор Q4) описание ищите выше.
Кстати ваш программатор не влияет на схему.
-- Прилагается рисунок: --