Думаю нужно передавать данные 0 и 1 последовательно и включать передатчик при нуле на 1 такт, выключать на 1 такт, при единице включать передатчик на 2 такта затем выключать на 1 такт, и т.д.
Можно позаимствотать из Филипсовского протокола ПДУ "RP-5".
А с помехами бороться програмно - добавить к каждому байту бит контрольной суммы. Ну а если организовать двухстороннюю связь можно придумать свой протокол позволяющий запрашивать повторно повреждённый байт, или подтверждать корректно принятый байт в противном случае посылать повторно пока не дайдёт.
PS. У меня была мысть использовать приёмо-передатчики от радиотетефона (1 от трубки, 2 ой от базы) застопарился на командах перестройки синтезаторов частот, чтобы оба модуля работали на одном канале. До протокола не дошол но мысли были.