Вы загружаетесь всегда с IDE? Тогда так: отключить (и спрятать в стол) IDEшник, проверить надежность обнаружения SATA в БИОСе, загрузиться с Windows PE (LiveCD, ReanimatorCD, FyB) и проверить читаемость информации с диска SATA.
Дальше понадобится Acronis True Image + Acronis Disc Director Suite на опять-таки сменном носителе. Подключить IDE, в настройках контроллера найти SATA+PATA или Compatible, выбрать загрузку с CD (
USB). Загрузиться, увидеть в Акронисе ОБА диска. С помощью Disc Director Suite "подвинуть" раздел с данными на SATA приводе, оставив в начале неразмеченное место под системный раздел с IDE диска. Идеально - под весь объем IDE (я себе именно так и сделал). После всех манипуляций (двигать большой объем - долго! Лучше на время куда-то сбросить - меньше действий - меньше риск потерять данные) с перезагрузками запустить True Image, выбрать в нем те разделы IDE, которые планируется перенести, указать куда на SATA.
ИЛИ - после "передвижения" разделов SATA - запустить обычный дистрибутив Windows, установить "новенькую" систему на свободном месте, а все нужное, что осталось на IDE, перенести той же флешкой, по очереди переподключая диски.
Второй вариант дольше, но безопаснее. Кстати, после установки системы на SATA - она вполне может увидеть и IDE диск.
Это все в предположении, что проблема софтовая. Если сам контроллер SATA на материнке неисправен, понятно, ничего не получится. Да, вот еще - неоднократно встречал жалобы на шнурки SATA (якобы есть некачественные), сам не сталкивался.