Я не Кашпировский, проект не вижу, каким компилятором пользуетесь, не знаю, могу только интуитивно предположить -
когда работает функция - запись в еепром, то вначале она запрещает прерывания, а потом разрешает. Вот после этого разрешения программа и улетает на те флаги, которые Вы взвели.
Перед записью погасите все. Но опять же -только догадки.В третий раз просить выложить проект не буду.
