Ну да, есть Front Designer, есть другой софт для плоского рисования, вплоть до Corel, Visio, etc.
Проблема-то не в этом, зачем плодить не связанные модули - вот в чем вопрос.
А чтобы связать имеющиеся модули и "рисование" панелей, надо переходить к 3D-системе.
Этого нет в DipTrace и не предвидится в ближайшее время, как я понимаю.
С другой стороны, есть PCB CAD-ы со встроенной поддержкой 3D-изображения разработанных плат, но это всего лишь просмотр "чего вышло", а вовсе не система 3D-проектирования.
И с третьей стороны, есть CAD-ы 3D-проектирования (Autocad, Mechanical Desktop и аналогичные) - вот их и надо пользовать.
P.S.
Возможно и есть системы сквозного проектирования и я не знаю о них в силу своих любительских или мелкосерийных задач.
Одной из первых PCB-программ c 3D, мной увиденных лет так 10 назад, был AutoTrax.
Кстати, он интенсивно развивается, как мне кажется.
На возможности можно взглянуть здесь:
http://www.kov.com/Tutorials/fullCycle.aspx