Симуляция FPGA в Протеусе - это круто.
![Улыбка](images/smilies/icon_smile.gif)
Вообще-то для этого используют специальные продукты. Симуляций для FPGA существует великое множество:
- поведенческая
- регистровая
- электрическая
- программная
и для каждого вида - свой инструмент.
Протеус, АФАИК, VHDL симулировать не умеет. Смотрите в сторону ModelSim от MentorGraphics. Или Icarus