По протеусу тут много любителей - есть ветка в САПР. Там есть компонент LPTPIM или как то так называется - связывающий программу с реальным LPT портом. Т.е. подключив к одной из линий этого компонента например генератор на 1Гц, получим эту частоту на соответствующем выводе LPT порта. Ну и паттерн-генератор позволяет программировать последовательности импульсов в произвольном порядке. Побитово. Поставьте да посмотрите, там примеры есть. А глюков там масса - программа будет вылетать ни с того ни с сего со странными сообщениями типа шаг симуляции слишком мал и т.п. Я этой фигней не пользуюсь обычно, так что по граблям Вам придется пройти самостоятельно. Или в ветке по Протеусу проконсультируйтесь у более опытных в этом вопросе людей.
Второй вариант -
http://www.recursion.jp/avrcdc/cdc-io.html
Тут можно прямо в командном режиме устанавливать или сбрасывать ножки порта. Команды идут в простой текстовой форме, так что можно управлять выводами прямо из терминала.
Или взять это -
http://www.recursion.jp/avrcdc/cdc-232.html
И немного модифицировать программу, вместо вывода в UART сделать например вывод в SPI. Там простор для творчества. Но это уже не совсем готовое получается.