Принципиальным отличием архитектур F2MC и FR, с точки зрения компилятора, является порядок расположения байт в памяти при хранении многобайтовых операндов (short, long).

Про операции через указатель (с размерностью, отличной от типа хранящихся данных) придется забыть...

{
    ...
    long test = 0x12345678;

    char   *p = &test;

    ...

    (F2MC) *p == 0x78

    (FR)   *p == 0x12
    ...
}