Что за ЦАП? По какому интерфейсу идёт запись в ЦАП? Вполне вероятно, что данные, по всей видимости оцифрованные неким АЦП, уже до ЦАПа имеют эти провалы. Надо проверить источник этих данных и посмотреть сами данные.
Есть ещё вариант: запрещать преобразование ЦАПом на время записи данных. Возможно процесс записи данных портит сигнал с выхода ЦАП.