Если Вас интересует частота сигнала, то оцифровывать его с помощью АЦП не совсем логично.
В datasheet на USB6008 (
http://www.ni.com/pdf/products/us/20043762301101dlr.pdf) написано, что плата содержит двоичный счетчик 32 разряда (~10^9) с частотой входного сигнала до 5 МГц (сигналы уровня ТТЛ). Вам необходимо понизить частоту сигнала или смесителем (как советует Papimas), или сформировать сигналы логических уровней, например, компаратором. Далее использовать делитель частоты: двоичный счетчик из 2 триггеров снизит частоту в 4 раза до 4 МГц. Этот сигнал уже можно подать на счетчик платы. Поскольку отклонение частоты незначительное импульсы придется считать достаточно долго - несколько секунд.