Спасибо, очень помогли, навели на правильный путь
Сделал новый проект, добавил Atmega328P, и указанная опция сразу появилась.
Оказалось, что в "проблемном" проекте использовалась старая библиотека для Atmega328P, где и не было опции "initial contents of data eeprom". Проапдейтил компоненту, и все стало на свои места.