Разобрался, в чем баг был. Я не внимательно читаю даташиты. После выключения мостового режима ШИМа и включения режима pulse_steering получался такой прикол: те ноги, которые на момент включения были в состоянии "1" так и оставались. Нужные ножки контроллера выдавали ШИМ, но "не нужные" могли запросто открываать один из верхних ключей. А так как в процессе баловства значение "тормозящего" ШИМа я ставил гуманно в районе 5-7%, то взрывов и прочей пиротехники не происходило. Заметил этот баг когда не стал включать тормоз на пол секунды, а оставил секунд на 10. Верхний ключ нагрелся. Тогда я и заметил, что отключеный вроде бы вывод на самом деле включен.
Так что солюшен: после отключения ШИМа надо все ноги принудительно в 0 загнать, а дальше уже рулить как надо. На моторе еще не проверял, сегодня буду в обед баловаться. Главное причину нашел.