Родоначальнику вопроса-походу у вас чего-то с оборудованием,возможно с самим микроконтроллером.Потому как интересно импульсы с таймера с крутым фронтом,а портов с пологим.Мне делать пока нечего,кризис идей,скачал с инета виртуальный осциллограф,хотя не верю и не играюсь с виртуальными инструментами.Так вот на даже на нём,правда у меня mega8535 крутые фронты,а про реальный осциллограф я уже писал выше.Разница со входами минимальна.
-- Прилагается рисунок: --