Пропустил начало темы, поэтому только сегодня её увидел. По поводу программ моделирования микроконтроллеров нужно смотреть в сторону средств работы с ПЛИС. На соответствующих языках создается описание МК, далее синтезируется схема (прошивка ПЛИС) и выполняется моделирование. То что сейчас доступно позволяет вполне решать Ваши задачи, такие как управление бесколлекторными двигателями и т.д.
